母公司以非貨幣資產對子公司出資，站在合并集團的角度，同樣是應予以抵銷的內部交易，只是作為“買方”的子公司支付對價的方式是其自身的權益工具（股權）。參照《企業會計準則第33號——合并財務報表（2014年修訂）》應用指南第74頁表述：“企業以非貨幣性資產出資設立子公司或對子公司增資的，需要將該非貨幣性資產調整恢復至原賬面價值，并在此基礎上持續編制合并財務報表。”
具體處理如下：
1. 如果在母公司個別報表層面按照具有商業實質處理的，則抵銷分錄為：
借：資產處置損益
貸：無形資產
借：累計攤銷
貸：年初未分配利潤
管理費用
借：實收資本／資本公積
貸：長期股權投資
2. 如果在母公司個別報表層面按照不具有商業實質處理的（投資成本為零），則先把子公司個別報表層面的該項無形資產價值與接受投資時確認的實收資本、資本公積等抵銷，再把子公司報表層面的攤銷金額沖回，具體抵銷分錄為：
借：實收資本／資本公積，
貸：無形資產；
借：累計攤銷，
貸：年初未分配利潤，
管理費用。